예후는 수년에서 수개월까지 다양하며, 1/3의 환자는 골수형성이상증후군과 관계없는 질환으로 사망하며, 골수형성이상증후군과 관련된 사망의 대부분은 범혈구감소증의 합병증이 원인입니다. 갑작스런 혈구감소증의 악화나 말초혈액에서 골수모세포의 증가 시에는 다른 염색체 이상이 발생하였을 가능성이 있으므로 검사가 필요합니다. 항암치료와 관련되어 발생한 골수형성이상증후군에서는 수개월 만에 급성골수구성백혈병으로 진행할 수 있고 예후가 좋지 않습니다.